Bir kişi için küçük ya da büyük ölçekte “travma” niteliği taşıyan bir olay ortaya çıktığında ve bu olay yeterince ele alınıp işlenmediğinde, ortaya çıkış anındaki resimleri, sesleri, duyguları ve düşünceleriyle sinir siteminin içine kilitlenebilir.

Bu kilitlenme genellikle beynin sağ yarıküresinde gerçekleşir. Kişinin, yaşadığı travmayla ilgili olarak kendini rahatlatmak amacıyla genellikle, mantık ağırlıklı açıklamalar bulduğu düşünülür. Örneğin, “Benim suçum değildi” gibi”. Bu tip açıklamalar da beynin sol tarafında gerçekleşir. Ancak bu açıklamalar kişinin duyduğu rahatsızlığı yok etmeye yetmez. Tüm bu yaşantılara hayaller ve gerçek olaya bağlı gibi düşünülen görüntüler eklenebilir.

EMDR çalışması sırasında kişiden, yaşadığı travma ile ilgili bir görüntü oluşturması, bu görüntüyü aklında tutması, bu görüntüyle ilgili bir olumsuz ve bir de olumlu düşünce üretmesi, olayla ilgili duygularına ve beden tepkilerine dikkat etmesi istenir.

Kişi, bu yönergeleri yerine getirirken, beynin sağ ve sol taraflarını aynı anda çalıştırmayı amaçlayan bazı uygulamalar yapılır; örneğin kişiden terapistin parmaklarını izleyerek gözlerini sağa sola oynatması istenir. Sağ ve sol yarıküreyi uyaracak başka yollar da vardır. Kişinin dönüşümlü olarak ellerine dokunmak gibi. Bu uygulamalar sırasında, kişinin bilinci tamamen yerindedir ve bütün işi beyni yapmaktadır. Bu süreç sırasında doğru veya yanlış yoktur, kişinin zihninde oluşan her şeyin doğru olduğu düşünülür.

EMDR çalışmalarının sonucunda, kişinin travmatik olayı hatırladığı, ancak o olayı hatırladığında oluşan olumsuz duygulardan kurtulduğu görülür. EMDR, uygulamaları genellikle 1-3 görüşme sürmektedir ve başarı oranı, araştırmalarla da doğrulanmış olarak hayli yüksektir.